Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) odhalil problémy v realizaci protipovodňových opatření zaměřených na zadržování vody v krajině, přestože na tyto účely bylo v letech 2020 až 2024 vynaloženo více než 7,1 miliardy korun. Kontrola se zaměřila na osm programů Ministerstva zemědělství, z nichž u třech byly zjištěny výrazné nedostatky. Ministerstvo však s výsledky inspekce nesouhlasí a tvrdí, že realizovaná opatření prokázala svou účinnost.
NKÚ zjistil, že například u programu zaměřeného na drobné vodní toky a malé nádrže nedosáhl stát stanovených cílů u deseti z patnácti ukazatelů. Specificky se pozornost zaměřila na rozšíření retencí kapacit, jež byly naplněny jen z poloviny plánované hodnoty, a na cíle k opravě a budování opevnění koryt vodních toků, které byly dosaženy pouze z jedné pětiny.
Kontrola dále odhalila, že Ministerstvo zemědělství u dalších dvou programů snížilo stanovené cíle, čímž mohlo označit projekty za splněné alespoň formálně. Tento přístup mohl v budoucnu znamenat vyšší riziko škod na majetku státu a občanů, jak upozornil Pavel Hrnčíř z NKÚ.
Ministerstvo obhajuje své kroky tvrzením, že z 427 protipovodňových opatření většina fungovala při povodních v roce 2024 v souladu s plány. Navíc se brání tím, že dotace byly použity účelně a odchylky byly minimální.
Ve světle těchto odlišných stanovisek zůstává otázka, zda byly finanční prostředky investovány s potřebnou efektivitou, což je zásadní vzhledem k tomu, že povodňové škody v České republice dosáhly v posledních dvou dekádách alarmujících 260 miliard korun.

